GİB’de bulunan “E-Fatura İptal Portalı” üzerinden “Temel Fatura” senaryosuna göre düzenlenmiş olan e-faturanın iptal edilmesi mümkündür. Bunun için faturayı düzenleyen kurumun portal üzerinden iptal talebinin oluşturulması ve oluşturulan talebin de alıcı muhattabına gönderilmesi gerekmektedir.
Faturanın numarası ve tutar bilgileri satıcı tarafından mali mühürle imzalanır ve portal üzerinden iptal talebi oluşturulur. Faturanın ilgili muhatabının da yine portal üzerinden iptal talebine onay vermesi gerekir. Ancak muhatabın onay vermemiş halinde fatura iptal edilmiş sayılmayacaktır. Onaylanması halinde ise sistem içerisinde faturanın iptali gerçekleşecektir.
Ticari e-fatura iptali için alıcının KEP üzerinden satıcıya yazı göndermesi gerekir. İki tarafın da faturanın iptali üzerine anlaşması sonrasında ise iptal işlemi gerçekleşmiş olmaktadır.
Elektronik ortam üzerinden yapılacak olan iptal işlemleri kati bir zorunluluk taşımamaktadır. Harici yollarla da faturayı iptal edebilmek mümkündür. Ancak noter, taahhütlü mektup, telgraf ve diğer yöntemler tüm bu işlemlerin çok fazla uzamasına sebep olacaktır.